Al conocer Juan Velázquez de Cuéllar y todos los vecinos de la villa de Arévalo la decisión que el Emperador Carlos V de sacarla de la corona para dársela en señorío a la reina viuda Dª Germana, acudieron en embajada a ver al Cardenal Cisneros para que evitase lo que ellos consideraban un atropello a sus derechos más tradicionales, basándose en que la reina Isabel, su abuela, había ordenado en más de una ocasión que "en tiempo alguno la dicha villa de Arévalo sería enajenada ni apartada ni quitada de su corona real por causa alguna, ni dada en merced a persona alguna"

Cuentan las crónicas que levantaron un muro para su defensa física, con su foso y torre, que cruzaba desde el Adaja al Arevalillo, partiendo de la puerta del hospital para terminar delante del monasterio de la Trinidad. "metió mucha gente de a pie y a caballo, así suya, como de algunos Grandes, sus amigos y deudos de su mujer y armas y artillería y se puso en levantamiento"

La villa fue sitiada por los ejércitos reales.

Iñigo organizó las defensas entorno a

la iglesia de San Pedro. La resistencia de Velázquez de Cuéllar y la villa duró desde noviembre de 1516 a marzo de 1517 y en tal ocasión, murió su hijo mayor D. Gutiérrez (22 de febrero de 1517).

Juan Velázquez de Cuéllar, fue destituido de todas sus encomiendas y le sustituyó en nombre del Rey, el Alcalde de Corte Cornejo. Abatido, cansado y arruinado, murió en Madrid el 12 de agosto de 1517. Entonces dice Fita de él que "todo lo perdió menos el honor".

Cuando el Regente Fernando visita varias veces en Tordesillas a su hija Juana y a su nieta Catalina, la hija póstuma de Felipe el Hermoso, es acompañado por Velázquez y su esposa Dª María de Velasco. No en vano Juan Velázquez había sido nombrado en 1508 mayordomo de la Reina Dª Juana; acompañados en algunas ocasiones por el paje Iñigo, Dª María era asidua e intimaba mucho con ellas. Así en 1525, cuando Catalina marcha en su viaje de bodas a Portugal, Dª María la acompaña como Camarera Mayor, permaneciendo a su servicio hasta su muerte en 1540.

Truncada la carrera en la Corte, Iñigo se dirige a otro poderoso deudo, el Duque de Nájera. Montalvo nos cuenta este episodio: "La mujer de dicho Contador, le dio quinientos escudos y dos caballos con que fuese a visitar al duque de Nájera, con cuya casa tenía deudo; y de allí se partió a Pamplona cabeza del Reino de Navarra..." Desde entonces, la vida de Iñigo toma nuevos rumbos e inicia la carrera militar.

Pasarían algunos años para descubrir el nuevo camino que le llevaría, por la vida religiosa como fundador de la entonces -y hoy- revolucionaria Compañía de Jesús, a escalar los más altos puestos en la historia de la lglesía.

Profunda huella dejó en el joven guipuzcoano la educación recibida en el corazón de Castilla; treinta años después, desde Roma, en 1548 escribe a un nieto del Contador en estos términos: "De la memoria del Sr. Juan Velázquez me he consolado en el Señor nuestro: y así V. md. me la hará de darle mis humildes encomiendas, como de Inferior que a sido, y es tan suyo y de los señores su padre y abuelo y toda su casa, de lo cuál todavía me gozo y gozaré siempre en el Señor nuestro".

De nuevo, Villa de Realengo

Presentación de D. Juan de Austria al Emperador Carlos V, en Yuste